菌落總數是評價食品衛生質量的重要指標，其檢測工作在某種程度上具有相當的不可比性，這就要求檢測人員要嚴格執行科學的操作程序。國家標準GB/T4789.2 中只是簡要提到了檢測程序，對實際操作過程中容易出現的問題未作詳細說明。本文就檢測中容易出現的問題，作一闡述。
樣品的制備和稀釋倍數的選擇
對于冰凍的樣品，在接種前要放到0~4℃的冰箱中解凍。固體樣品要用滅菌刀或鑷子從不同部位采取試驗材料并混合，在無菌操作下充分研細，混勻，做成均勻稀釋液。樣品制備的整個過程都應在無菌狀態下進行，以防污染。任何樣品在打開包裝前，都要在取樣開口處的周圍表面進行消毒。以上過程的誤操作是：冰凍樣品的解凍時間過長，導致細菌增殖，使實測結果偏高；固體樣品取樣不均衡，稀釋液未充分混勻，使所測結果準確度降低；取樣時未進行外包裝消毒，引起樣品污染。
充氣飲料應在無菌條件下進行排氣；酸性樣品用經過滅菌的20~30% 碳酸鈉溶液調整pH 值到中性；含鹽量較高的樣品應用滅菌蒸餾水進行稀釋。誤操作是：充氣飲料未經排氣，使樣品接種量偏低；酸性樣品未調pH 值，使不適合酸性狀態下生長的細菌受抑制；高鹽樣品仍用生理鹽水進行稀釋，使不適于高鹽狀態下生長的細菌受抑制，結果均使實測值偏低。
不同的食品其「菌落總數」的檢出限量也不一致。醬油、奶制品、熟肉制品等細菌含量一般偏高，稀釋度可相應選擇較大的，如1:100 和1:1000 等，而飲料、糕點類樣品中細菌量偏低，稀釋度應選擇較小的，如液體樣品可選原樣，固體樣品選1:10 等。誤操作是或者選擇的稀釋度過大，使得菌落生長稀少，或者稀釋度過小，菌落生長密度高，難以計數，導致實測結果或偏高或偏低。
接種、培養過程中應注意的問題
接種時，用移液管吸取稀釋液不應用吸球，而要用管口上部塞有脫脂棉球的經過高溫烘烤的移液管，，以防產生交叉污染。稀釋液加入平皿后，應在盡可能快的時間內傾入瓊脂（傾倒瓊脂時，應保證瓊脂溫度在50~60℃，溫度過高，易殺死細菌；溫度過低，則瓊脂提前凝固，導致檢測失敗），并立即在桌面上推旋平皿，使樣液與瓊脂混合均勻，切忌推旋動作過大，將瓊脂濺到平皿蓋上，影響測定結果。
平皿內瓊脂凝固后，不要長久放置后才翻轉平皿培養，而應在瓊脂凝固后立即將平皿翻轉予以培養，這樣可避免菌落蔓延生長，難以計數。
配制、分裝稀釋液或傾注平板不能在日光直射下進行，以防強烈的日光將細菌殺死。
在培養時，恒溫培養箱的溫度不能過高，以免出現蔓延生菌的趨勢，但也要防止因通風和空氣循環而造成的培養基太干，而影響細菌的正常生長。
滅菌消毒過程中應注意的問題
細菌檢測過程中所用到的一切用具和培養基都需經過滅菌程序。接種室要經常用消毒液進行地面、墻面和桌面的消毒處理。實驗進行前，還要經紫外燈照射殺菌。檢測人員的實驗服也要經常用消毒液浸泡消毒。凡是能在高溫下烘烤的玻璃器皿、金屬器械等都應用專用紙包好并在170℃烘烤3 小時以上，以徹底滅菌。培養基和液體試劑，則要在高壓鍋內進行滅菌。高壓鍋使用時應注意在升壓前要放凈鍋內殘存的空氣，以保證所需的壓力，達到滅菌效果。滅菌效果的好壞可通過空白試驗確定。空白試驗有空氣空白、稀釋用水空白、器皿空白等，完美的空白試驗平板上應該無細菌生長。
菌落計數和檢測結果報告中應注意的問題
菌落計數在完成培養后應立即進行，以防細菌繼續生長蔓延影響實測結果。由于不小心、視力疲勞或菌落沒有辨認好，均可導致錯誤的結果，因此，檢測人員在計數時應采取多人同時進行計數的方法，以避免這種情況造成的誤差。
如果所有稀釋度的平板均無細菌生長，則檢測報告應以較低稀釋度報出，如較低稀釋度為1，則報為＜1；若較低稀釋度為1:10，則報為＜10，而不能報為「未檢出」。
以上所述，均是在實際檢測「菌落總數」過程中易發生誤操作之處。只有檢測人員嚴格按要求進行實際操作，避免產生上述錯誤，才能保證科學、準確地得出符合樣品實際的檢測結果，體現技術監督檢測工作的科學性和公正性。
